کرسیهای آزاد اندیشی همه عرصه های علوم پایه , طبیعی و به ویژه علوم انسانی از فرهنگ , اقتصاد , فلسفه , کلام , سیاست , جامعه شناسی و... را در برمی گیرد و در همه این محورها لازم است این کرسیها تشکیل شده و نظرات و دیدگاههای مختلف به بحث و گفتگوی علمی گذارده شود و مورد نقد وبررسی قرار بگیرند تا درسایه آن فکر و علم تولید شود . البته روشن است که از میان موضوعات مختلف , موضوعاتی که در شرایط کنونی در جامعه به صورت جدی مطرح است از اولویت بیشتری برخوردار هستند موضوعاتی مانند مباحث حکومت دینی، ولایت فقیه , مردم سالاری , آزادی سیاسی , سکولاریسم , جریان فتنه و جریان انحرافی و سیاست خارجی و مسائل فرهنگی و راهکارهای مقابله با آسیب های فرهنگی و ارتقای فرهنگ دینی و ملی و مباحث اقتصادی , هدفمند کردن یارنه ها و راهکارهای پیشرفت اقتصادی و مسأله اشتغال و ازدواج و...
در اینجا به بخشی از مطالبات مقام معظم رهبری در این خصوص اشاره می شود.
1. ضرورت طرح علمی و اصولی نظریه های مختلف :«یکى از وظایف نظام جمهورى اسلامى، حمایت صریح از برخورد افکار به شکل سالم است. اینکار، ظرف و مجرا لازم دارد و این مجرا بایستى به وسیله خود دوستان دانشگاهى و حوزوى در بخشهاى مختلف تنظیم شود. آنها باید این مجرا را درست کنند و امکان بدهند.امروز متأسّفانه فضا طورى است - چون این کارها را نکردهایم - که اگر کسى بیاید نه لزوماً یک نظریه نو، بلکه یک بدعت، یک سنّتشکنى یا یک لگدکوبى به یک مرز را سر چوب کرده و بلند کند و هیاهو راه بیندازد، مىتواند عدّهاى را بهصورت عوامفریبانه دور خود جمع کند. مخالف او هم با همان روش با او برخورد مىکند و بنا مىکند به محکوم کردن او از یک موضع طرد و لعن. شاید اصل محکوم کردن درست باشد؛ اما خیلى از اوقات شیوهاش درست نیست. گاهى هم مىبینیم که کارهاى خوبى در این زمینه انجام مىشود. البته هر دو کار، غلط است؛ چون اگر آن نظریه یک نظریه نو است، اوّل باید در یک مجمع تخصّصى مطرح شود، هیأت منصفه مورد قبولى علمى بودن آن را تأیید کند که بر پایههاى علمى استوار است و مثلاً حرّافى و لفّاظى و عوامفریبى و جنجالسازى نیست . اوّل باید این را مشخّص کنند. بعد از آنکه معلوم شد ارزش علمى دارد، مورد نقّادى قرار گیرد و حقّ و ناحق بودن، اشکال کردن بر موارد آن و تثبیت یا رد کردن پایههایش آغاز شود. این معنا در دانشگاهها در همه زمینههاى علمى حتّى علوم محض، علوم پایه، علوم طبیعى و علوم انسانى جارى است و در زمینههاى فرهنگى و اعتقادى و معارف و علوم حوزوى هم جارى است. این کارها باید بشود. حوزه و دانشگاه این کارها را باید بکنند. شما جمعى هستید که مىتوانید در این مجموعه کار، نقش ایفا کنید و حقیقتاً ما به آن احتیاج داریم.» (بیانات مقام معظم رهبری در دیدار اعضاى انجمن اهل قلم , ۷/۱۱/۸۱ )
2. میدان دادن به دانشجویان :«یکى دیگر از کارهائى که باید در زمینهى مسائل گوناگون اجتماعى و سیاسى و علمى انجام بگیرد، میدان دادن به دانشجوست براى اظهارنظر. از اظهار نظر هیچ نباید بیمناک بود. این کرسىهاى آزاداندیشى که ما گفتیم، در دانشگاه ها باید تحقق پیدا کند و باید تشکیل بشود. اگر چنانچه بحث‌هاى مهم تخصصى در زمینهى سیاسى، در زمینههاى اجتماعى، در زمینههاى گوناگون حتّى فکرى و مذهبى، در محیطهاى سالمى بین صاحبان توان و قدرت بحث مطرح بشود، مطمئناً ضایعاتى که از کشاندن این بحثها به محیطهاى عمومى و اجتماعى ممکن است پیش بیاید، دیگر پیش نخواهد آمد. وقتى که با عامهى مردم، افراد مواجه می‌شوند، همه نمی‌توانند خودشان را حفظ کنند. مواجههى با عامهى مردم، انسان ها را دچار انحراف ها و انحطاط ها و لغزش‌هاى زیادى میکند که متأسفانه ما شاهد بودیم. خیلى از افرادى که شما مى‌بینید در مواجههى با عامهى مردم یک حرفى میزنند، یک چیزى می‌گویند، در اعماق دلشان اى بسا خیلى اعتقادى هم ندارند. به تعبیر بعضىها جوگیر می‌شوند؛ این خیلى چیز بدى است. اگر در محیطهاى خاص، محیطهاى آزاداندیشى و آزادفکرى، این مسائل مطرح بشود - مسائل تخصصى، مسائل فکرى، مسائل چالشبرانگیز - مطمئناً ضایعات کمتر پیش خواهد آمد. (دیدار با اساتید دانشگاه ها ۸/۶/۱۳۸۸)
3. ضرورت مدیریت آزاد اندیشی : «مسئلهى آزاداندیشىاى که ما گفتیم، ناظر به این است. باید راه آزاد اندیشى و نوآورى و تحول را باز گذاشت، منتها آن را مدیریت کرد تا به ساختارشکنى و شالودهشکنى و بر هم زدن پایههاى هویت ملى نینجامد. این کار، مدیریت صحیح لازم دارد. چه کسى باید مدیریت کند؟ نگاهها فوراً مىرود به سمت دولت و وزارت علوم و...؛ نه، مدیریتش با نخبگان است؛ با خود شماست؛ با اساتید فعال، دانشجوى فعال و مجموعههاى فعال دانشجویى. حواستان جمع باشد! دنبال حرف نو و پیدا کردن حرف نو حرکت کنید؛ اما مراقب باشید که این حرف نو در کدام جهت دارد حرکت مىکند؛ در جهت تخریب یا در جهت ترمیم و تکمیل؛ اینها با هم تفاوت دارد. این وظیفهاى است به عهدهى خود شماها. امثال بنده که مسئول هستیم؛ البته مسئولیت هایى داریم و شکى نیست در این زمینهها؛ اما کار، کار خود شماهاست. گمان نکنید که نهضت آزاداندیشى و حرکت تحول و شجاعت در کارهاى گوناگون را، به جاى شما که دانشجو هستید یا محقق هستید یا استاد هستید، ممکن است مسئولان دولتى یا بنده بیاییم انجام بدهیم؛ نه، من نقشم این است که بیایم بگویم این کار را خوب است بکنیم. نهضت نرمافزارى و جنبش نرمافزارى و نهضت تولید علم را ما مطرح کردیم؛ الان حدود ده سال مىگذرد و امروز یک غوغایى راه افتاده است. چه کسى این را راه انداخته؟ من که یک کلمه بیشتر نگفتم. این کار را شما کردید؛ محقق ما، جوان ما و استاد ما؛ تحول از این قبیل است.»(بیانات دانشگاه سمنان,۱۸/۸/۸۵)
4. کرسیهای آزادی اندیشی عامل پیشرفت کشور :«شما کرسى آزادفکرى سیاسى را، کرسى آزاد فکرى معرفتى را تو همین دانشگاه تهران، تو همین دانشگاه شریف، تو همین دانشگاه امیرکبیر به وجود بیاورید. چند نفر دانشجو بروند، آنجا حرفشان را بزنند، حرف همدیگر را نقد کنند، با همدیگر مجادله کنند. حق، آنجا خودش را نمایان خواهد کرد. حق اینجورى نمایان نمی شود که کسى یک انتقادى را پرتاب بکند. اینجورى که حق درست فهمیده نمی شود. ایجاد فضاى آشفته‌ى ذهنى با لفاظى‌ها هیچ کمکى به پیشرفت کشور نمیکند. شما تجربه‌ى این پدر پیرتان را در این زمینه داشته باشید. آنى که کمک میکند به پیشرفت کشور، آزادى واقعى فکرهاست؛ یعنى آزادانه فکر کردن، آزادانه مطرح کردن، از هو و جنجال نترسیدن، به تشویق و تحریض این و آن هم نگاه نکردن. یک وقت شما یک حرفى میزنید، ناگهان مى‌بینید همه‌ى ناظران سیاسى جهان که وجودشان انباشته‌ى از پلیدى و خباثت است، براى شما کف میزنند. به این تشویق نشوید. به قول رائج بین جوان ها، جوگیر نشوید. بحث درست بکنید، بحث منطقى بکنید. سخنى را بشنوید، سخنى را بگوئید؛ بعد بنشینید فکر کنید. این همان دستور قرآن است. «فبشّر عباد. الّذین یستمعون القول فیتّبعون احسنه». سخن را باید شنفت، بهترین را انتخاب کرد. والّا فضاى جنجال درست کردن، همین میشود که دیدید. جنجال قبل از انتخابات، بعد از انتخابات، انعکاسش می شود. (بیانات در جلسه با نخبگان)
5. کرسیهای آزادی اندیشی زمینه ساز بالندگی علمی و فکری :«نباید از «آزادى» ترسید و از «مناظره» گریخت و «نقد و انتقاد» را به کالاى قاچاق و یا امرى تشریفاتى، تبدیل کرد چنانچه نباید بجاى مناظره، به «جدال و مراء»، گرفتار آمد و بجاى آزادى، به دام هتاکى و مسئولیت گریزى لغزید. آن روز که سهم «آزادى»، سهم «اخلاق» و سهم «منطق»، همه یکجا و در کنار یکدیگر اداء شود، آغاز روند خلاقیت علمى و تفکر بالنده دینى در این جامعه است و کلید جنبش «تولید نرم افزار علمى و دینى» در کلیه علوم و معارف دانشگاهى و حوزوى زده شده است. بى‌شک آزادیخواهى و مطالبه فرصتى براى اندیشیدن و براى بیان اندیشه توأم با رعایت «ادب استفاده از آزادى»، یک مطالبه اسلامى است و «آزادى تفکر، قلم و بیان»، نه یک شعار تبلیغاتى بلکه از اهداف اصلى انقلاب اسلامى است. »(پاسخ به نامه جمعى از دانش آموختگان و پژوهشگران حوزه علمیه در مورد کرسیهای نظریه‌پردازی ,۱۶/۱۱/۸۱)