کرسیهای آزاد اندیشی همه عرصه های علوم پایه , طبیعی و به ویژه علوم انسانی از فرهنگ , اقتصاد , فلسفه , کلام , سیاست , جامعه شناسی و... را در برمی گیرد و در همه این محورها لازم است این کرسیها تشکیل شده و نظرات و دیدگاههای مختلف به بحث و گفتگوی علمی گذارده شود و مورد نقد وبررسی قرار بگیرند تا درسایه آن فکر و علم تولید شود . البته روشن است که از میان موضوعات مختلف , موضوعاتی که در شرایط کنونی در جامعه به صورت جدی مطرح است از اولویت بیشتری برخوردار هستند موضوعاتی مانند مباحث حکومت دینی، ولایت فقیه , مردم سالاری , آزادی سیاسی , سکولاریسم , جریان فتنه و جریان انحرافی و سیاست خارجی و مسائل فرهنگی و راهکارهای مقابله با آسیب های فرهنگی و ارتقای فرهنگ دینی و ملی و مباحث اقتصادی , هدفمند کردن یارنه ها و راهکارهای پیشرفت اقتصادی و مسأله اشتغال و ازدواج و...

در اینجا به بخشی از مطالبات مقام معظم رهبری در این خصوص اشاره می شود.

1. ضرورت طرح علمی و اصولی نظریه های مختلف :«یکى از وظایف نظام جمهورى اسلامى، حمایت صریح از برخورد افکار به شکل سالم است. این‏کار، ظرف و مجرا لازم دارد و این مجرا بایستى به وسیله خود دوستان دانشگاهى و حوزوى در بخشهاى مختلف تنظیم شود. آنها باید این مجرا را درست کنند و امکان بدهند.امروز متأسّفانه فضا طورى است - چون این کارها را نکرده‏ایم - که اگر کسى بیاید نه لزوماً یک نظریه نو، بلکه یک بدعت، یک سنّت‏شکنى یا یک لگدکوبى به یک مرز را سر چوب کرده و بلند کند و هیاهو راه بیندازد، مى‏تواند عدّه‏اى را به‏صورت عوام‏فریبانه دور خود جمع کند. مخالف او هم با همان روش با او برخورد مى‏کند و بنا مى‏کند به محکوم کردن او از یک موضع طرد و لعن. شاید اصل محکوم کردن درست باشد؛ اما خیلى از اوقات شیوه‏اش درست نیست. گاهى هم مى‏بینیم که کارهاى خوبى در این زمینه انجام مى‏شود. البته هر دو کار، غلط است؛ چون اگر آن نظریه یک نظریه نو است، اوّل باید در یک مجمع تخصّصى مطرح شود، هیأت منصفه مورد قبولى علمى بودن آن را تأیید کند که بر پایه‏هاى علمى استوار است و مثلاً حرّافى و لفّاظى و عوام‏فریبى و جنجال‏سازى نیست . اوّل باید این را مشخّص کنند. بعد از آن‏که معلوم شد ارزش علمى دارد، مورد نقّادى قرار گیرد و حقّ و ناحق بودن، اشکال کردن بر موارد آن و تثبیت یا رد کردن پایه‏هایش آغاز شود. این معنا در دانشگاهها در همه زمینه‏هاى علمى حتّى علوم محض، علوم پایه، علوم طبیعى و علوم انسانى جارى است و در زمینه‏هاى فرهنگى و اعتقادى و معارف و علوم حوزوى هم جارى است. این کارها باید بشود. حوزه و دانشگاه این کارها را باید بکنند. شما جمعى هستید که مى‏توانید در این مجموعه کار، نقش ایفا کنید و حقیقتاً ما به آن احتیاج داریم.» (بیانات مقام معظم رهبری در دیدار اعضاى انجمن اهل قلم , ۷/۱۱/۸۱ )

2. میدان دادن به دانشجویان :«یکى دیگر از کارهائى که باید در زمینه‏ى مسائل گوناگون اجتماعى و سیاسى و علمى انجام بگیرد، میدان دادن به دانشجوست براى اظهارنظر. از اظهار نظر هیچ نباید بیمناک بود. این کرسى‏هاى آزاداندیشى که ما گفتیم، در دانشگاه ها باید تحقق پیدا کند و باید تشکیل بشود. اگر چنانچه بحث‌هاى مهم تخصصى در زمینه‏ى سیاسى، در زمینه‏هاى اجتماعى، در زمینه‏هاى گوناگون حتّى فکرى و مذهبى، در محیط‌هاى سالمى بین صاحبان توان و قدرت بحث مطرح بشود، مطمئناً ضایعاتى که از کشاندن این بحثها به محیطهاى عمومى و اجتماعى ممکن است پیش بیاید، دیگر پیش نخواهد آمد. وقتى که با عامه‏ى مردم، افراد مواجه می‌شوند، همه نمی‌توانند خودشان را حفظ کنند. مواجهه‏ى با عامه‏ى مردم، انسان ها را دچار انحراف ها و انحطاط ها و لغزش‌هاى زیادى می‌کند که متأسفانه ما شاهد بودیم. خیلى از افرادى که شما مى‏بینید در مواجهه‏ى با عامه‏ى مردم یک حرفى می‌زنند، یک چیزى می‌گویند، در اعماق دلشان اى بسا خیلى اعتقادى هم ندارند. به تعبیر بعضى‏ها جوگیر می‌شوند؛ این خیلى چیز بدى است. اگر در محیط‌هاى خاص، محیط‌هاى آزاداندیشى و آزادفکرى، این مسائل مطرح بشود - مسائل تخصصى، مسائل فکرى، مسائل چالش‏برانگیز - مطمئناً ضایعات کمتر پیش خواهد آمد. (دیدار با اساتید دانشگاه ها ۸/۶/۱۳۸۸)

3. ضرورت مدیریت آزاد اندیشی : «مسئله‏ى آزاداندیشى‏اى که ما گفتیم، ناظر به این است. باید راه آزاد اندیشى و نوآورى و تحول را باز گذاشت، منتها آن را مدیریت کرد تا به ساختارشکنى و شالوده‏شکنى و بر هم زدن پایه‏هاى هویت ملى نینجامد. این کار، مدیریت صحیح لازم دارد. چه کسى باید مدیریت کند؟ نگاهها فوراً مى‏رود به سمت دولت و وزارت علوم و...؛ نه، مدیریتش با نخبگان است؛ با خود شماست؛ با اساتید فعال، دانشجوى فعال و مجموعه‏هاى فعال دانشجویى. حواستان جمع باشد! دنبال حرف نو و پیدا کردن حرف نو حرکت کنید؛ اما مراقب باشید که این حرف نو در کدام جهت دارد حرکت مى‏کند؛ در جهت تخریب یا در جهت ترمیم و تکمیل؛ اینها با هم تفاوت دارد. این وظیفه‏اى است به عهده‏ى خود شماها. امثال بنده که مسئول هستیم؛ البته مسئولیت هایى داریم و شکى نیست در این زمینه‏ها؛ اما کار، کار خود شماهاست. گمان نکنید که نهضت آزاداندیشى و حرکت تحول و شجاعت در کارهاى گوناگون را، به جاى شما که دانشجو هستید یا محقق هستید یا استاد هستید، ممکن است مسئولان دولتى یا بنده بیاییم انجام بدهیم؛ نه، من نقشم این است که بیایم بگویم این کار را خوب است بکنیم. نهضت نرم‏افزارى و جنبش نرم‏افزارى و نهضت تولید علم را ما مطرح کردیم؛ الان حدود ده سال مى‏گذرد و امروز یک غوغایى راه افتاده است. چه کسى این را راه انداخته؟ من که یک کلمه بیشتر نگفتم. این کار را شما کردید؛ محقق ما، جوان ما و استاد ما؛ تحول از این قبیل است.»(بیانات دانشگاه سمنان,۱۸/۸/۸۵)

4. کرسیهای آزادی اندیشی عامل پیشرفت کشور :«شما کرسى آزادفکرى سیاسى را، کرسى آزاد فکرى معرفتى را تو همین دانشگاه تهران، تو همین دانشگاه شریف، تو همین دانشگاه امیرکبیر به وجود بیاورید. چند نفر دانشجو بروند، آنجا حرفشان را بزنند، حرف همدیگر را نقد کنند، با همدیگر مجادله کنند. حق، آنجا خودش را نمایان خواهد کرد. حق اینجورى نمایان نمی شود که کسى یک انتقادى را پرتاب بکند. اینجورى که حق درست فهمیده نمی شود. ایجاد فضاى آشفته‌ى ذهنى با لفاظى‌ها هیچ کمکى به پیشرفت کشور نمیکند. شما تجربه‌ى این پدر پیرتان را در این زمینه داشته باشید. آنى که کمک میکند به پیشرفت کشور، آزادى واقعى فکرهاست؛ یعنى آزادانه فکر کردن، آزادانه مطرح کردن، از هو و جنجال نترسیدن، به تشویق و تحریض این و آن هم نگاه نکردن. یک وقت شما یک حرفى میزنید، ناگهان مى‌بینید همه‌ى ناظران سیاسى جهان که وجودشان انباشته‌ى از پلیدى و خباثت است، براى شما کف میزنند. به این تشویق نشوید. به قول رائج بین جوان ها، جوگیر نشوید. بحث درست بکنید، بحث منطقى بکنید. سخنى را بشنوید، سخنى را بگوئید؛ بعد بنشینید فکر کنید. این همان دستور قرآن است. «فبشّر عباد. الّذین یستمعون القول فیتّبعون احسنه». سخن را باید شنفت، بهترین را انتخاب کرد. والّا فضاى جنجال درست کردن، همین میشود که دیدید. جنجال قبل از انتخابات، بعد از انتخابات، انعکاسش می شود. (بیانات در جلسه با نخبگان)

5. کرسیهای آزادی اندیشی زمینه ساز بالندگی علمی و فکری :«نباید از «آزادى» ترسید و از «مناظره» گریخت و «نقد و انتقاد» را به کالاى قاچاق و یا امرى تشریفاتى، تبدیل کرد چنانچه نباید بجاى مناظره، به «جدال و مراء»، گرفتار آمد و بجاى آزادى، به دام هتاکى و مسئولیت گریزى لغزید. آن روز که سهم «آزادى»، سهم «اخلاق» و سهم «منطق»، همه یکجا و در کنار یکدیگر اداء شود، آغاز روند خلاقیت علمى و تفکر بالنده دینى در این جامعه است و کلید جنبش «تولید نرم افزار علمى و دینى» در کلیه علوم و معارف دانشگاهى و حوزوى زده شده است. بى‌شک آزادیخواهى و مطالبه فرصتى براى اندیشیدن و براى بیان اندیشه توأم با رعایت «ادب استفاده از آزادى»، یک مطالبه اسلامى است و «آزادى تفکر، قلم و بیان»، نه یک شعار تبلیغاتى بلکه از اهداف اصلى انقلاب اسلامى است. »(پاسخ به نامه جمعى از دانش آموختگان و پژوهشگران حوزه علمیه در مورد کرسی‌های نظریه‌پردازی ,۱۶/۱۱/۸۱)